乘坐 JR 新幹線從新大阪車站至博多車站換乘 JR 線特快至長崎約 4 小時 35 分鐘。
長崎縣內主要的機場為長崎機場，除了國內航線外，亦有飛往韓國、中國上海等國際航班。
長崎縣內的鐵路交通有：JR九州旅客鐵道、長崎電氣軌道、島原鐵道、松浦鐵道 。
從韓國仁川市和中國上海市每周有兩次至長崎的輪船。
TOYOTA、Times Car、Budget、ORIX、NISSAN等多家租車公司提供觀光客自駕旅遊的需求。
根據車型大小，小型、中型車的計程車限乘4人。計程車車資通常從660-730日圓起跳（前兩公里），之後每288公尺大約加收90日圓。車子停滯不動時間較長時，計程車也會跳錶。夜間加成價格為原價之外加收百分之20-30。而且並不是所有的計程車都可以刷卡，有些公司規定只有 5000日元以上才可以刷卡。
需準備駕照、護照、學生證等附大頭照的身分證件。另須準備信用卡（大部分店家僅接受信用卡付款）。並留意租借店家的營業時間，以免支付額外費用。
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以鐵路、地鐵、巴士交通為主，連外交通則有國內線航空前往日本各地。